2025/05/29
一、限制性核酸內切酶的定義
限制性核酸內切酶(Restriction Endonuclease)是一類能識別雙鏈DNA分子中特定核苷酸序列,并在特定位置切割DNA鏈的核酸水解酶。這類酶主要來源于原核生物(如細菌),是原核生物抵御外源DNA(如噬菌體)入侵的“分子剪刀”,通過切割外源DNA保護自身基因組。
其核心特點包括:
序列特異性:識別特定的 DNA序列(通常為 4-8個堿基對的回文序列,如EcoRI識別 GAATTC)。
切割方式:在識別序列內或附近切割DNA,產生黏性末端(如EcoRI切割產生5'突出末端)或平末端(如SmaI切割產生平末端)。
二、限制性內切酶的分類
根據酶的結構、輔因子需求及切割特性,可分為以下四類:
1
I類酶
結構:由多個亞基組成,兼具甲基化酶和核酸內切酶活性。
識別序列:長(約 15 bp),包含特異性識別位點和非特異性輔助位點。
切割特點:切割位點遠離識別序列(可達千堿基對),無固定位置,難以用于基因工程。
代表:EcoK、EcoB。
2
II類酶
結構:單一亞基,僅含核酸內切酶活性,甲基化需獨立酶催化。
識別序列:短(4-8 bp),多為回文對稱序列。
切割特點:嚴格在識別序列內或附近固定位置切割,產物末端明確,是基因工程中最常用的類型。
代表:EcoRI(識別 GAATTC,切割產生黏性末端)、HindIII(識別 AAGCTT)、SmaI(識別 CCCGGG,產生平末端)。
3
III類酶
結構:由兩個亞基組成,兼具甲基化和切割功能。
識別序列:約10bp,非對稱序列。
切割特點:切割位點在識別序列下游 24-26 bp 處,位置不固定,應用有限。
代表:EcoPI、HinfIII。
4
IV類酶
功能:特異性識別并切割修飾后的 DNA(如甲基化、糖基化 DNA)。
應用:主要用于研究 DNA 修飾機制,在基因工程中較少使用。
三、限制性內切酶的應用
1
基因工程與分子克隆
DNA 切割與重組:切割目的基因和載體(如質粒),通過黏性末端或平末端連接構建重組 DNA 分子。
載體構建:用于插入外源基因、篩選標記基因等。
2
DNA分析與指紋圖譜
限制性片段長度多態性(RFLP):通過酶切不同個體的 DNA,分析片段長度差異,用于遺傳病診斷、親子鑒定、法醫物證分析。
基因組圖譜繪制:酶切基因組 DNA,通過電泳分離片段,構建物理圖譜。
3
基因診斷與突變檢測
檢測基因中特定序列的缺失、插入或突變(如鐮刀型貧血癥的β-珠蛋白基因檢測)。
PCR-RFLP:結合PCR擴增,酶切產物分析突變位點。
4
其他應用
基因編輯輔助工具:在CRISPR-Cas9系統中,部分限制酶可用于驗證靶點切割效率。
病毒檢測:酶切病毒基因組,分析病毒亞型或變異。
四、限制性內切酶活性的影響因素
1
溫度
最適溫度:多數酶為 37℃(如EcoRI),少數來自嗜熱菌的酶需更高溫度(如 TaqI 為 65℃)。
低溫影響:低溫下酶活性降低,但通常不會失活(可在冰上操作防止 DNA 降解)。
2
緩沖液成分
金屬離子:需 Mg2?作為輔因子(部分酶需 Mn2?,但可能降低特異性)。
鹽濃度:不同酶對NaCl濃度需求不同,分為高鹽(>100 mM)、中鹽(50-100 mM)、低鹽(<50 mM)緩沖液。
pH 值:多數酶最適pH為7.2-7.6,極端 pH會導致酶變性。
3
DNA 質量與結構
純度:DNA中的雜質(如酚、氯仿、乙醇、蛋白質、RNA)會抑制酶活性,需純化處理。
甲基化狀態:原核生物中的限制酶會被自身甲基化酶修飾的 DNA(如Dam甲基化的GATC序列)所保護,不切割自身基因組,但會切割未甲基化的外源 DNA。
DNA 濃度與構型:超螺旋質粒DNA較線性DNA更難切割,需增加酶量或延長反應時間。
4
酶的用量與反應時間
星號活性(* 活性):酶用量過高、甘油濃度 > 5%、低離子強度或存在有機溶劑(如乙醇)時,酶可能切割非特異性序列,導致 “星號活性”。
反應時間:常規酶切需 1-2 小時,不完全酶切可通過縮短時間或減少酶量實現(用于基因組物理圖譜構建)。
5
其他因素
甘油濃度:酶儲存液中甘油濃度通常為50%,反應體系中甘油濃度需低于5%(避免星號活性)。
抑制劑:EDTA(螯合Mg2?)、SDS(破壞酶結構)等會抑制酶活性。
NEB與限制性內切酶
1975年,NEB成為第一家銷售限制性內切酶的公司,并開展限制性內切酶相關的研究與開發項目,進行限制性內切酶的發現、克隆、測序和表征,以及質量提升與生產優化等工作。截止到2008年的統計,NEB科學家發現了500多種限制性內切酶,這些科學家不僅包括NEB內部科學家,還包括許多來自海外的合作研究人員。作為分子生物學發展歷史上的重要書寫者,限制性內切酶未來必將與更多激動人心的應用相結合,推動科學歷史的進步與發展。而NEB仍然將是這段歷史及未來的重要參與者及推動者。
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